Hay algunas paradojas temporales en la tercera temporada de El Ministerio del Tiempo. Posiblemente, la más grave es cuando viajeros del tiempo irrumpen en una época pasada y en una reyerta abaten mortalmente a sus rivales. Por ejemplo, cuando salvan a Ernesto y Mendieta de ser fusilados por un pelotón nazi, que es aniquilado por partisanos, en el segundo capítulo de la tercera temporada. Esto generaría un cambio temporal y un "efecto mariposa" que no se sabe si puede llegar a afectar en algo al futuro al eliminar a antepasados de contemporáneos del siglo XXI.
Del mismo modo, aunque los viajeros del tiempo no sean quienes disparen sino la propia gente de la época, sigue habiendo una interferencia externa que no habría existido antes.
